The University of Tokyo
それっぽい考察: なぜ東京大学だけThe University of Tokyoと英語で綴るのでしょ… - 人力検索はてな
M・ピーターセンも『日本人の英語』で取り上げているらしい。
しかし次のHPの人も混乱しているように、「よくわからん」というのが正解でしょうね。
いろいろ調べてみると、（腑に落ちないのだけれど）、どうも"The University of 地名"の国立大学の場合、言葉としては、国が各都道府県・地域にひとつつつ設置した総合大学、という背景があるような気がします。で、一つの地域には総合大学をいっこしか置かないという国の方針だからTheってことかな？。今後も一つしか置かないという国の方針なら、The Universityでいいんでしょう。国のほこりをかけてるから？
でもなあ、お茶の水大は総合大学だよなあ。
さて、こういう理屈だとすると、ほとんどの国立大学が"The University of"の形式の名前を使えるのだけれど、何故だかTohoku Universityの形式が主流です。
"The University of 地名"の形式を正式名称を使っている国立大は、googleでみるかぎり、 東京大学、筑波大学、徳島大学、琉球大学、山梨大学、福井大学くらいで、あまり多くはありません。（ただし、筑波大、山梨大、福井大、琉球大はTheがついていないみたい。）
琉球大学だけはちょっと変わっていて、University of the Ryukyusです。たぶん、琉球諸島ってことだと思います。
歴史(ちゃんと調べてはいない)
1877年（明治10年）
東京開成学校と東京医学校が合併して東京大学となる
英語表記は不明
1886年（明治19年）
「帝国大学」と改称
1896年農科大学の紀要では"Imperial University, College of Agriculture": 国立国会図書館デジタルコレクション - Bulletin. vol.2,no.6
"the"が付かない理由が俺にはわからなかった。
1897年（明治30年）
1908年東京帝国大学工科大学の紀要？"Tokyo Imperial University": 国立国会図書館デジタルコレクション - The journal of the College of Engineering,Tokyo Imperial University,Japan. v.4 no.4
1900～1909年のモノ: 国立国会図書館デジタルコレクション - 検索結果
先ほどと同じで "the" は付かず、しかし "Tokyo/Kyoto" が "Imperial University" を修飾している。
1947年（昭和22年）
9月 「東京大学」に改称
によるとこの時から "The University of Tokyo" らしい。
